与传统的烹饪方式相反，微波加热食物是从外到内，而不是从内到外。这可能会导致那些大家都熟悉的冷点，这些冷点在细菌生长的地方起着小口袋的作用。许多研究将这种现象与食物中毒的小规模爆发联系起来。
疾病控制和预防中心的研究人员在美国流行病学杂志上发表了一项研究。在一次野餐后，有几十人吃了重新加热的烤猪肉，结果发现爆发了沙门氏菌。在30名受试者中，所有使用微波炉的10人都生病了，而使用传统烤箱或平底锅的20人中没有一人生病。
美国食品卫生管理局也证实，微波不会杀死细菌——微波会产生热量，杀死食物中的细菌。微波炉是节省时间的好方法，当食物被加热到安全的内部温度时，它能杀死细菌。但是微波食品由于形状不规则或厚度变化会导致烹饪不均匀。即使是配有转盘的微波炉也能不均匀地烹饪，并在有害细菌存活的地方留下冷点。
所以，在用微波炉烹饪的过程中，要遵循要求旋转和搅拌食物的包装说明，遵循任何被要求等待的时间，或烹饪后微波食物在食用前应等待的时间。必要时可以用食品温度计在几个地方检查微波食品的温度。
